Buscando a Nemo y el DNA ambiental

Hola de nuevo carbonianos!

En estos tiempos oscuros con el SARS-Cov-2 acechando como una amenaza fantasma (con el permiso de George Lucas) la genética ha vuelto, una vez más, a acompañarnos con su fuerza. No me refiero solamente a la posibilidad de desenmascarar positivos utilizando la técnica de PCR en tiempo real, si no a la de detectar el virus mediante su rastreo en muestras ambientales.

La técnica empleada se basa en la utilización del ADN ambiental (environmental DNA, eDNA) que es el que se obtiene de una muestra del ambiente. Ya, ya, si mis profes del cole estuvieran a mi lado, me dirían que lo definido no puede entrar en la definición. Tomo nota. No os preocupéis por mí, que eso y qué es un género literario son dos de las cosas que me han quedado grabadas a fuego. Curioso, no? Retomo, que me voy por las ramas y no precisamente por las del árbol de la vida, que es el que nos interesa. Una muestra ambiental puede ser de suelo, agua, heces, etc. Lo que las define es que contienen ADN de múltiples especies y por esa razón tienen muchas aplicaciones super interesantes.

Del análisis del genoma obtenido de muestras de ADN ambiental, se encarga la metagenómica. El término, utilizado por primera vez a finales de los 90 hacía referencia al metagenoma, pues de lo que se trata es de analizar un montón de genes de especies distintas presentes en una muestra como si se tratara de un único genoma. ¡Nada menos!

Amplificación por PCR de un gen de Sardina pilchardus

Para poder identificar las especies presentes en una muestra ambiental es importante que la filogenia de las mismas esté resuelta. O al menos que tengamos secuencias de referencia de la mayor parte de las especies para poder comparar. En el caso del SARS-Cov-2 la secuenciación de genomas ha permitido identificar de qué tipo de virus se trata, plantear escenarios posibles para descifrar su origen y utilizar la información obtenida para la obtención de vacunas. Además de permitir identificar restos del mismo en aguas residuales.

Son muchos los grupos de investigación que han trabajado y trabajan en la obtención de datos genómicos del virus. La colaboración entre laboratorios y los mecanismos de difusión de información en ciencia se han puesto en marcha desde el primer momento. El hastag #SinCienciaNoHayFuturo tiene más significado que nunca. Me gustaría destacar a dos grupos de investigación españoles que se han volcado en la obtención de datos (no se me enfaden el resto), uno es el Laboratorio de Virus Respiratorios del Centro Nacional de Microbiología (CNM) del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) y el otro el de José Tubío, Jose Tubio’s lab – Genomes & Disease, en la Universidad de Santiago de Compostela.

Gracias a todos los que hacen ciencia en el mundo podemos dejar de preguntarnos ¿Quién nos ha robado el mes de abril? y mantener la esperanza como esperando abril de la mano de Silvio Rodríguez. Con la música de dos poetas os dejo hasta la próxima.

¿Cómo? Efectivamente, tienes razón y buena memoria. El título de la carbonoticia “Buscando a Nemo y el DNA ambiental” no pega mucho, no? Bueno, podría hacerlo si te pregunto si crees que Dori podría haber encontrado antes a Nemo si hubiese utilizado ADN ambiental ¿A ti que te parece?  Ahora sí me despido. Que la fuerza os acompañe 😉

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2 comentarios

  1. Hola,también seria interesante analizar las muestras de aire de nuestras Ciudades y ver la Relación con los gases Contaminantes, Oxidos de Nitrógeno, Ozono,Particulas y Cenizas con la Presencia del Virus.

    1. Gracias Carlos por tus comentarios tan interesantes. Creo que algo de eso se está haciendo con los filtros de las estaciones meteorológicas, pero la verdad es que no tengo mucha información al respecto.
      Salu2
      Montse

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